Perisian untuk Mikrobiologi

Selain mikroskop dan hidangan Petri, komputer adalah alat penting untuk ahli mikrobiologi. Perisian untuk penyelidikan mikrobiologi merangkumi alat yang digunakan oleh disiplin sains dan kejuruteraan lain serta aplikasi khusus untuk kajian bakteria dan mikro-organisma lain. Banyak aplikasi yang dibangunkan oleh agensi kerajaan, yayasan bukan untung atau penyelidik akademik tersedia sebagai perisian percuma untuk dimuat turun dan digunakan seperti yang diperlukan oleh eksperimen atau makmal anda.

Alat Visualisasi

Gambaran fizikal atau mental data mentah yang anda kumpulkan dapat membantu anda memahami kualitinya dengan lebih baik, kepentingan dan implikasi. Perisian visualisasi sumber terbuka dan komersial tersedia secara meluas untuk penyelidikan mikrobiologi. Buat carta dan grafik data anda menggunakan LibreOffice Calc, Excel Microsoft atau sistem visualisasi data Mondrian. Aplikasi Cell-O dan RasMol membantu anda membuat model animasi 2D dan 3D molekul penting secara biologi seperti protein dan asid amino.

Pemodelan Matematik

Koleksi data mikrobiologi yang besar sering menghasilkan maklumat yang lebih bermakna setelah mereka dianalisis secara berangka. MATLAB, Pakej perisian Octave dan SciPy yang melakukan penyempurnaan matematik, analisis dan pemodelan data saintis. Gunakan pakej ini untuk melakukan pengiraan parameter melalui pemasangan kurva, ramalan epidemiologi, simulasi pertumbuhan bakteria dan kebisingan data atau penghapusan kesan stokastik. Aplikasi ini juga melakukan pengiraan statistik, seperti analisis varians atau ujian Chi-square.

Bioinformatik Genom

Aplikasi perisian mikrobiologi juga membantu anda memvisualisasikan dan menambang maklumat dari urutan asid nukleik yang membentuk DNA mikro-organisma. Open Bioinformatics Foundation menyediakan percuma, aplikasi penjujukan dan analisis DNA sumber terbuka seperti BioJava dan Biopython yang mengekstrak data dari bank maklumat genom, menguraikan kod DNA organisma dan membandingkannya dengan sampel DNA lain. Pakej analisis genom tambahan merangkumi Emboss, HMMER, Omega Kluster, Pakej Inferens Filogeni, atau PHYLIP, dan Suite Manipulasi Urutan, atau SMS.

Perisian Rujukan

Kepesatan penemuan saintifik dalam mikrobiologi dan perubahan peraturan pemerintah menjadikannya penting agar ahli mikrobiologi dapat mengakses maklumat yang mempengaruhi pekerjaan mereka. HUGO adalah pakej perisian komersil yang menyediakan maklumat terkini mengenai mikrobiologis mengenai alat, bahan kimia, peralatan, media budaya, keperluan keselamatan, organisma baru, perubahan taksonomi dan antibiotik. Sebagai tambahan, ahli mikrobiologi yang bekerja dalam sains makanan boleh menggunakan aplikasi Web Penyemak Imbas ComBase untuk mengakses data mikrobiologi berkaitan makanan yang disediakan oleh agensi kerajaan di United Kingdom, Australia dan Amerika Syarikat.